Fase 2: livelli record dei laghi a seguito di ulteriori abbondanti precipitazioni
Mentre la situazione delle inondazioni nelle aree inizialmente colpite dell'Altopiano centrale si è mitigata con la fine delle precipitazioni estreme del 13 maggio, il confine della massa d'aria si è spostato verso il versante settentrionale delle Alpi. Qui non si sono verificate precipitazioni estreme come in precedenza sull'Altopiano centrale. Tuttavia, le forti precipitazioni sono durate dall'11 al 14 maggio e sono state a tratti molto intense. Tra l'11 e il 14 maggio quasi la metà del versante settentrionale delle Alpi ha ricevuto più di 100 mm di pioggia. Le valli del Simmen e del Kander sono state particolarmente colpite.
Di conseguenza, non furono soltanto i piccoli corsi d'acqua ad aumentare drasticamente, ma anche i fiumi più grandi e quindi i livelli dei laghi. Destò preoccupazione la pianura della Linth, dove la vecchia diga della Linth rischiava di collassare. Nella notte del 15 maggio, la Linth ha temporaneamente sfiorato il livello critico. Anche la Reuss ha raggiunto livelli critici di piena. Di conseguenza, il lago dei Quattro Cantoni si è innalzato così tanto che il 15 maggio era solo di pochi centimetri sotto il livello critico, minacciando il Centro Congressi di Lucerna. Livelli d'acqua estremamente elevati hanno interessato anche altri laghi, ma non si sono verificate grandi inondazioni.
Gli abitanti di Berna sono stati meno fortunati. I fiumi Simme e Kander hanno vissuto un'inondazione estrema. Molti collegamenti nelle valli della Simmental e della Diemtigtal furono interrotti. Il 14 maggio il lago di Thun ruppe gli argini e il 15 maggio superò di 35 cm il precedente massimo del 1910. Il livello record era quindi di circa 70 cm al di sopra della soglia di danneggiamento. Su una lunghezza di 4 chilometri, l'acqua raggiunse 400 metri nell'entroterra e allagò le case.
Anche la valle dell'Aare è stata gravemente colpita dalle inondazioni. L'area dell'aeroporto di Belpmoos era sommersa dall'acqua. In alcuni punti è stato possibile utilizzare solo una corsia dell'autostrada A6. A Berna, il livello dell'Aare raggiunse un nuovo record dall'inizio delle misurazioni nel 1917 e straripò su entrambi i lati già il 13 maggio. Il 14 maggio, l'Aare raggiunse un nuovo livello record e inondò l'intero quartiere Matte. Gli abitanti dovettero essere evacuati. In tutto il Cantone di Berna furono allagate oltre 500 case.
Danni di piccola entità si verificarono anche nei cantoni di Svitto, Zugo e Lucerna. Qui sono stati in parte i torrenti più piccoli a rompere gli argini, in parte le frane e gli smottamenti. È stato necessario evacuare le case al lago Lauerz.
Il 14 maggio, una frana ha interrotto la linea FFS Berna-Lucerna attraverso l'Entlebuch. Anche la linea Brünig e la linea Zug-Arth-Goldau erano impraticabili.
Fortunatamente, a partire dal 14 maggio il tempo si è calmato e la situazione delle inondazioni si è gradualmente attenuata. Solo il lago di Costanza, che si è innalzato più lentamente a causa delle sue dimensioni, ha continuato a registrare una tendenza all'innalzamento e all'avvicinamento al punto critico di massima piena.
La principale causa delle inondazioni risiede nelle precipitazioni estreme. Poiché le masse d'aria erano calde e umide, ha piovuto fino ad alta quota. Tutte le precipitazioni si sono dunque riversate immediatamente nei fiumi e nei laghi. Durante le piogge primaverili comparabili del 6-9 maggio 1985 e del 20-23 giugno 1973, invece, aveva nevicato al di sopra di circa 1500 m, per cui una parte delle precipitazioni non è defluita fino al successivo scioglimento della neve.
Un altro fattore sfavorevole è stato il fatto che i suoli erano già impregnati in precedenza, prima che si verificassero le forti precipitazioni dopo il piovoso aprile e a causa dello scioglimento della neve a causa delle alte temperature. Lo scioglimento diretto della neve durante le forti precipitazioni, invece, ha avuto un ruolo molto meno significativo a livello idrologico. Il fatto che il contributo della fusione diretta della neve al volume di deflusso non sia stato particolarmente elevato è stato chiaramente evidente nelle aree con precipitazioni inferiori (alta valle del Reno, valle del Rodano, valle dell'Hasli). Per il periodo in questione non sono state segnalate situazioni critiche di inondazione in queste aree.